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**Anne** · August 12, 2006, 03:46 AM

Re: Commentaires du Docteur Niman

bonjour,
est ce que quelqu'un sait a partir de combien d'AA semblables, on peut commencer a parler de polymorphisme...definition ?

**Lyro** · October 20, 2006, 10:32 PM

Commentaires du Docteur Niman

FOYER D'?CLOSION DE H5N1 SUSPECT ET FATAL AU SUD DE SULAWESI
Traduction de l'anglais au fran?ais par Lyro, FluTrackers, de l'article
"Fatal Suspect H5N1 Cluster in South Sulawesi"
Par Dr Henry Niman, Recombinomics Commentary
20 octobre 2006

"The Official of the Maros Health of the Service took the sample of blood against five citizens in the Bontopaddingin Village, the Bontotallasa Village, the Subdistrict Toss Up, on Wednesday October 18 yesterday.The taking of the sample of this blood, related the death a baby, Fajrin, 2 months that was expected suspect avian influenza (AI) or bird flu.

They who were taken the sample of his blood respectively the two parents Fajrin, the Dervish, 22 years with his wife, dahlias, 29 years.Three other citizens were still being the grandfather and the close Fajrin family respectively Kurdin, 60 years, Hj Indeed, 55 years, and Harbiah, 35 years.A Service staff the Maros Health, Muhammad Said, SKM M. Cash that led the taking of the sample of this blood in the location, mentioned, from the five citizens, two including being expected suspect bird flu."

La traduction ci-dessus [de l'indon?sien ? l'anglais] d?crit un cas suspect fatal de grippe aviaire H5N1 dans le sud de Sulawesi. De plus, au moins deux membres d'une m?me famille sont hospitalis?s et plusieurs personnes proches sont test?es. La situation du virus H5N1 au sud de Sulawesi demeure n?buleuse.

Le mois dernier, un cas fatal ? Mekassar a ?t? annonc?. N?anmoins, ce patient est d?c?d? au mois de juin. Un bulletin p?riodique de l'Organisation mondiale de la sant? a expliqu? que les d?lais de confirmation ont ?t? attribuables ? la collecte des pr?l?vements et ? des tests de routine. Cependant, le bulletin de l'OMS a omis de mentionner le d?c?s de deux autres membres de cette famille, qui pr?sentaient ?galement des sympt?mes apparent?s ? la grippe aviaire. Ainsi, l'absence de rapport de l?information, jumel?e ? une annonce fallacieuse, sont inqui?tants.

Entre le foyer d'infection suspect et fatal d'il y a quelque temps et celui actuel, un grand nombre de cas suspects ont ?t? hospitalis?s au sud de Sulawesi. Bien que ces cas ont test? n?gatif, les patients ont ?t? trait?s au Tamiflu, ce qui aurait pu r?duire le niveau de H5N1 en circulation dans leur organisme au point d'en devenir ind?tectable. Les r?sultats n?gatifs sont communs chez les cas de H5N1 et des tests multiples et fr?quents sont n?cessaires pour d?tecter le H5N1. Un cas r?cent fatal confirm? de H5N1 en Tha?lande a ?t? test? neuf fois sur une p?riode de plusieurs semaines, mais le H5N1 n'a ?t? d?tect? qu'au moment de l'autopsie.

La fr?quence des infections en Indon?sie demeure incertaine. Les s?quences g?n?tiques de H5N1 analys?es chez les patients ne correspondent pas ? celles des volatiles. ?tant donn? qu?une incidence de poulet mort ou de volaille mourante est habituellement requise pour effectuer des tests de H5N1, l?incidence d?infection au H5N1 chez les patients d?montrant des sympt?mes de grippe aviaire, mais sans lien avec la volaille, est largement inconnue.

Si ces patients ont ?t? infect?s par le H5N1, ils auront d?velopp? des anticorps qui pourraient ?tre d?tect?s de trois ? quatre semaines apr?s le d?but de la maladie. Le nombre de patients survivants avec des sympt?mes de grippe aviaire ayant ?t? test?s pour des anticorps convalescents demeure cependant inconnu.

Parall?lement, le s?quen?age g?n?tique de chats test?s positifs au H5N1 n?a pas ?t? d?voil?. La seule s?quence de H5N1 chez un chat qui a ?t? d?voil?e ne correspond pas aux s?quences de H5N1 chez les humains, ce qui d?montre l??vidence additionnelle d?un r?servoir mammif?re. L?analyse de r?cents s?quen?ages g?n?tiques de H5N1 en Chine d?montre que la recombinaison est fr?quente, et des r?gions d?identit? sont observables en Indon?sie chez les patients, prouvant l??vidence de l?introduction de nouveaux polymorphismes en Indon?sie par l?entremise des oiseaux migrateurs. Il y a ?galement des lacunes au niveau du s?quen?age g?n?tique du H5N1 parmi les oiseaux sauvages en Indon?sie.

Le dernier foyer d?infection suspect en Indon?sie fait ? nouveau ressortir ? quel point une surveillance accrue et une diffusion de l?information plus ad?quate sont n?cessaires.

De r?centes publications de medias indiquent que des tests seront effectu?s chez les oiseaux aquatiques dans la r?gion de Trisik, en Yogyakarta, et sur la c?te Eretan, en Indramayu. Jusqu?? pr?sent, le seul cas de H5N1 rapport? chez un oiseau de Java avec nomenclature diff?rente proviendrait d?Idramayu. Bien que la s?quence ne corresponde pas ? la majorit? de celles des cas humains, elle s?apparente ? un petit groupe de patients infect?s vers la fin de l?ann?e 2005. Le seul isolat d?oiseau avec une nomenclature nouvelle proviendrait de la r?gion centrale de Sumatra.

Bien que la nouvelle nomenclature n?ait ?t? d?tect?e ? l?ext?rieur de l?Indon?sie, plusieurs polymorphismes de patients en Indon?sie ont ?t? d?tect?s dans le H5N1 de Chine, impliquant fortement ces isolats dans l??volution du H5N1 ? travers le monde, et incluant plusieurs polymorphismes d?tect?s largement chez les patients indon?siens. Par ailleurs, les origines de ces s?quences g?n?tiques en Chine pourraient ?tre trouv?es dans les isolats faiblement pathog?nes de Hong Kong ? la fin des ann?es 1970, indiquant que les s?quences faiblement pathog?nes sont ?troitement impliqu?es dans l??volution du H5N1, qui est en grande partie conduite par la recombinaison, et pouvant ais?ment ?tre d?tect? dans le H5N1 de volaille, d'oiseaux aquatiques et de cygnes de Chine.

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**Mingus** · October 20, 2006, 11:22 PM

Re: Commentaires du Docteur Niman

Originally posted by Anne

bonjour,
est ce que quelqu'un sait a partir de combien d'AA semblables, on peut commencer a parler de polymorphisme...definition ?

Salut Anne, ça fait un bout, je ne vais plus vous visiter souvent, pas le temps trop éparpillé; Snif!

Un polymorphisme est tout simplement une position de différente du consensus.
Ça peut être autant du côté protéines que base d'acide nucléique.

Mais j'ai un scoop

on garde ça entre francophone

... en tanant un peu Dr.Niman ( qui doit bien aimer ça comme il est encore sur les forum depuis plus d'un ans ) j'en ai su eu peu plus sur sa "méthode" d'analyse.

Il se sert de sondes de 10 nucléotides avec lesquels il fait une recherche chez "Los alamos flu databank".
Çe sont ces résultats qu'il apelle les carnets de voyage (travel log) des polymorphismes.

Cette semaine je lui en ai soumis un alors que je voyais une possibilitée de mutation Q226L provoquée par une recombinaison avec la grippe du chien (H3N8).

J'avais utilisée une sonde de 9 nucléotide, c'est ça qui l'as fait parler.:p

Dis Lyro,
ça promet un succès fou des traductions de qualitées des chroniques de niman en français. Fait attention, niman est workaholic, pas de burn-out ici SVP.

**SteveoSteen** · October 21, 2006, 04:01 AM

Re: Commentaires du Docteur Niman

Merci Mingus pour l'info ! T'es trop fort.
Les Francophones, c'est les meilleurs.
C'est vrai que Niman, il chôme pas et il est toujours dispo pour répondre aux questions.

Je reste bouche cousu sur le scoop !

Sinon, effectivement, la traduction en français des chroniques de Niman (si elle est en cours) promettent d'être un Best-seller.
En tous les cas, en France, ici c'est sûr, avec notre longue tradition Pasteur et notre Histoire (la place des pestes et des famines dans l'histoire européenne).
Henry N. y pense-t-il sérieusement ?

Perso, j'ai eu à de multiples reprises l'occasion de lire ses articles sur Recombinomics, ils sont supers et digne d'intérêt, aussi pour le grand public et ce malgré l'avalanche d'ouvrages qui sortent chaque mois sur les étales.
Il devrait penser à trouver un éditeur (si un éditeur ne l'a pas déjà trouvé et si il a le temps).
La dernière page pourrait se terminer ainsi :

Fatal H5N1 in ... ? et avec un brin d'optimisme sur l'accélération des recherche qu'engendre une telle menace.

**Anne** · October 21, 2006, 03:21 PM

Re: Commentaires du Docteur Niman

10 nucleotides,ca parait mince, terriblement mince :-)
terriblement petit, on doit pouvoir en trouver partout...partout..
je vais regarder tes posts en anglais... ca va me faire rire
j'avais vu passer un jour un article sur le net sur la recombinaison de 2 virus SIDA , je n'ai pas tilt? sur le moment..

**Lyro** · October 22, 2006, 09:37 PM

Commentaires du Docteur Niman

J'ai cru remarquer, en effet, Mingus, que le Docteur Niman est des plus prolifiques. Il manie le clavier d'ordinateur aussi vite que l'?clair! Je vais tenter de suivre la cadence, mais je ne suis pas certaine de pouvoir tenir ce rythme bien longtemps. Tant mieux si ses ?crits, une fois traduits en fran?ais, int?resseront de nombreux internautes et membres de ce site.

**Lyro** · October 24, 2006, 10:08 AM

Commentaires du Docteur Niman

UN VÉTÉRINAIRE MONGOLIEN INFECTÉ AU H5N1
Par Dr Henry Niman, Recombinomics
Traduction en français par Lyro, FluTrackers, de l'article
"H5N1 Infection of Veterinarian in Mongolia"
22 octobre 2006

"A scientist, who conducted researched at Ulaanbaatar agricultural university veterinary clinic, has become infected with bird flu. On October 23, the Onoodor periodical informs that Mongolian emergency ministry refuses to release any additional information; however, as it became known to the press, the scientist became infected a week ago.

The researcher was hospitalized with high temperature. As National Infectious Disease Center director Mendbayar Altanhuu stressed, preliminary analysis confirmed that the man had the avian flu virus."

La traduction ci-dessus suggère que le premier cas humain d'infection au H5N1 a été détecté en Mongolie. Il n'a pas encore été spécifié si cette infection du vétérinaire/scientifique est liée à une procédure en laboratoire, ou si la maladie a été contractée par la proximité d'oiseaux infectés. Des articles publiés dernièrement dans les médias décrivent une flambée épidémique massive de H5N1 à Tuva et ses régions périphériques, en Mongolie. Plusieurs séquences de Qinghai provenant d'isolats de Tuva et de Mongolie ont été rendues publiques.

Cependant, les cas humains officiels d'infections de souche Quinghai se sont limités jusqu'à présent à la Turquie, l'Irak, l'Azerbaijan, l'Égypte et le Djibouti.

Si ce cas d'infection devait être confirmé officiellement, il deviendrait le tout premier cas humain de grippe aviaire en Mongolie.

Pour en savoir plus
Références de médias >>>
Arbres phylogénétiques >>>

Source

**Lyro** · October 24, 2006, 02:44 PM

Commentaires du Docteur Niman

NOUVEAU CLIVAGE G?N?TIQUE HA DE GRIPPE AVIAIRE H5N1 EN ROUMANIE
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
Traduction par Lyro, FluTrackers, de l?article
"Novel HA Cleavage Site in Romania H5N1 Bird Flu"
22 octobre 2006

La s?quence de H5N1 isol?e d?un poulet en Roumanie l?an dernier a ?t? publi?e [A/chicken/Romania/4793/05(H5N1)].

La s?quence partielle HA d?montre un nouveau site de clivage HA, GDRRKKR. Il s'agit ici de la premi?re s?quence de H5N1 rendue publique, qui signalait un des premiers cas confirm?s de H5N1 dans la r?gion, en octobre 2005. Bien que les s?quences g?n?r?es par Weybridge aient ?t? retenues, l'arbre phylog?n?tique de s?quences HA H5N1 en Europe a ?t? publi?.

Il y a plusieurs regroupements distincts sur l'arbre, incluant des isolats de Roumanie. Cependant, la pr?sentation globale comprend une discussion sur les isolats d'Europe et d?crit plusieurs nouveaux sites de clivage. Mais aucun ne contenait les changements E ? D, sugg?rant que les s?quences publi?es repr?sentent une autre version de la souche de Qinghai de H5N1 circulant en Europe.

Le site de clivage ci-haut mentionn? n'a pas ?t? publi? auparavant, mais les changements E ? D ont ?t? trouv?s dans des oies en Malaisie. Le site de clivage est obtenu en prenant le site commun de clivage HA de H5N1 en Asie, RERRKKR et en modifiant le E pour g?n?rer RDRRRKKR. Parall?lement, un changement commun Qinghai a modifi? la premi?re position de la s?quence commune ? un G, r?sultant en GERRRKKR. Ainsi, un nouveau site de clivage en Roumanie peut ?tre g?n?r? et recombin? ? la s?quence d'un canard de Malaisie avec la s?quence commune Qinghai.

La s?quence partielle HA a des polymorphismes additionnels, partag?s par un sous-ensemble d'isolats de Qinghai. A1099G est partag? avec un isolat de Qinghai de cette r?gion, mais le polymorphisme se retrouve ?galement dans plusieurs isolats de H5N1 d'Indon?sie. Le partage du polymorphisme entre un sous-ensemble d'isolats de Qinghai et un sous-ensemble d'isolats d'Indon?sie signale une recombinaison additionnelle entre ces deux groupes.

De r?centes s?quences de Chine d?finissent l'?volution du H5N1, incluant des isolats de 1997, avec la suppression de 20 acides amin?s NA trouv?s dans le g?notype Z, qui a provoqu? une flamb?e ?pid?mique en Chine en 2004. Ces s?quences d?montrent plusieurs exemples de recombinaison bien d?finis, et peuvent ?tre ?galement retrouv?s chez les oiseaux sauvages. Ces isolats partagent ?galement des blocs d'identit? avec les isolats Indon?siens, incluant des isolats humains du foyer d'?closion de Karo, de m?me que la sous-souche s?lectionn?e pour un vaccin cibl?.

R?cemment, l'OMS a augment? le nombre de vaccins H5N1 cibl?s ? quatre, puisque quatre souches distintes, ou sous-souches sont responsables d'infections fatales chez les humains. Ces vaccins cibl?s en expansion d?montrent la rapide ?volution du H5N1, provoqu?e par une recombinaison extensive d'une complexit? g?n?tique croissante. Le partage du polymorphisme entre ces blocs d'identit? distincts aide ? d?finir des ?v?nements additionnels de recombinaison qui pourraient servir pour de futurs vaccins cibl?s.

La s?quence HA publi?e aujourd'hui, provenant d'un patient infect? ce mois-ci, d?montre des exemples additionnels de r?gions de H5N1 partag?es entre des isolats de Qinghai et d'Indon?sie.

Pour en savoir plus
R?f?rences de m?dias >>>
Arbres phylog?n?tiques >>>

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**Lyro** · October 27, 2006, 08:16 PM

Commentaires du Docteur Niman sur la recombinaison g?n?tique du H5N1

RECOMBINANTS H5N1 H9N2 AU NORD DE LA CHINE
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
Traduction en fran?ais par Lyro, FluTrackers, de l'article
"H5N1 H9N2 Recombinants in Northern China"
26 octobre 2006

Les chercheurs de l'Institut du g?nome de Beijing (P?kin) ont lib?r? approximativement 300 s?quences de H5N1 ce mois-ci. Les s?quences proviennent de volaille, d'oiseaux sauvages, et de porcs et d?finissent l'?volution du H5N1 en Chine. Une s?rie de s?quences a ?t? d?pos?e le 28 f?vrier 2005 chez Genbank avec le commentaire suivant: ?Une cohorte de sous-types d'isolats d'AIV H5N1 dans les oiseaux aquatiques sauvages et la volaille domestique a indiqu? une transmission rapide, un r?-arrangement fr?quent, et des ?v?nements identifiables de recombinaison". Les s?quences r?centes confirment des exemples ant?c?dents d?finis de recombinaison, et prolongent et alimentent les observations effectu?es auparavant remontant ? 1997 par l'entremise d'isolats de 2004.

Un exemple saisissant de recombinaison peut ?tre observ? dans A/chicken/Jilin/hl/2004(H5N1). Bien que l'isolat ait un H5 dont l'origine remonte au premier H5 trouv? dans une oie de Guangdong en 1996, et que le N1 est semblable au NA dans le g?notype G+, tel que d?couvert dans les isolats humains de 2003 de patients de Hong Kong ayant visit? la province de Fujian, les six segments de g?ne restants ont des blocs d'identit? ?tendus avec les isolats H9N2 de Chine du milieu des ann?es 90 ? la fin de cette d?cennie (voir les d?tails >>>).

De grands bouts de blocs d'identit? ?taient semblables aux identit?s trouv?es entre les isolats PB2 et PA de porcs canadiens de 2004 et des s?quences de porcs du Tennessee en 1977. La fid?lit? dans l'ordre des s?quences observ?e depuis plus de 25 ans au Canada et depuis 10 ans en Chine, pose de s?rieuses interrogations sur l'importance des mutations al?atoires dans la variation saisonni?re de la grippe saisonni?re et de la grippe pand?mique.

De m?me, les blocs d'identit? ?tendus avec le H9N2 n'?taient pas dus au r?-arrangement, ce qui brouille des segments de g?ne mais ne change pas la s?quence du g?ne. Chacun des 6 segments de g?ne a eu des blocs d'identit? avec des isolats H5N1, en plus de r?gions d'isolats H9N2, indiquant que chacun des six segments de g?ne a ?t? produit par recombinaison homologue.

Bien que des exemples d?finis de recombinaison dans le H5N1 de Hong Kong aient ?t? rapport?s pr?c?demment (voir les d?tails >>>), les s?quences de Chine d?montrent que la fr?quence est nettement plus ?lev?e que celle indiqu?e par les s?quences dans les bases de donn?es de GenBank ou de Los Alamos. La plupart des s?quences de Hong Kong ou de Chine sont des s?quences partielles, ce qui peut g?n?rer un biaisement prononc? dans la base de donn?es, particuli?rement si les r?gions retenues repr?sentent des r?sultats ?inattendus? bas?s sur les s?quences soumises.

Ces s?quences partielles repr?senteraient alors la fr?quence ou l'importance de la recombinaison dans l'?volution du H5N1 et influeraient ?galement sur le d?veloppement d'un vaccin bas? sur la recombinaison d'isolats de H5N1.

De m?me, la retenue des nouvelles s?quences telles que les s?quences de Qinghai produites par Weybridge ? partir d'?chantillonnage europ?en effectu? en 2005 ou au d?but de 2006, limite ?galement l'analyse.

Jusqu'? pr?sent, la plupart des analyses de l'OMS et de conseillers se sont concentr?es sur ce qui ?tait per?u comme des mutations al?atoires. Ces nouvelles donn?es de Chine soutiennent la vision que les polymorphismes dans le H5N1 ne sont pas dus aux mutations r?centes et sont loin d'?tre al?atoires. Ces polymorphismes peuvent ?tre ais?ment trouv?s dans la base de donn?es en extension et sont pr?sents dans des sous-types d'isolats ant?c?dents et des endroits qui seraient susceptibles de provoquer de nouveaux polymorphismes par l'interm?diaire de la recombinaison homologue, et ils sont pr?visibles.

Les nouvelles s?quences de Chine avec une recombinaison identifiable, y compris la recombinaison entre H5N1 et H9N2, accentuent le besoin d'une base de donn?es solide de s?quences compl?tes. Derni?rement, des s?quences compl?tes de H5N1 de Qinghai ont ?t? produites par le projet NIAID influenza sequencing. Ce projet a ?t? ?galement employ? pour produire des s?quences compl?tes de s?rotypes aviaires autres que le H5N1. Le manque de production de s?quences compl?tes de H5N1 en Asie (provenant notamment de l'H?pital Saint-Jude et de l'Universit? de Hong Kong) et la publication des s?quences H5N1 par Weybridge, restent un sujet d'inqui?tude et ont emp?ch? le d?veloppement de vaccins visant des souches pand?miques ?mergentes de H5N1.

Pour en savoir plus
R?f?rences de m?dias >>>
Arbres phylog?n?tiques >>>

Source

**Lyro** · October 27, 2006, 09:58 PM

Commentaires du Docteur Niman sur la recombinaison g?n?tique du H5N1

LES CAS SUSPECTS DE H5NI EN ÉGYPTE AUGMENTENT
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
"H5N1 Suspect Cases in Egypt Continue to Grow"
26 october 2006

"There is a state of panic among citizens enough after the seizure of the child Basma Essam seven months yesterday on suspicion Bismnod infected birds. The bodies of the Ministry of Health had seized two cases in the last few hours and another case a few days ago have been transferred to the Abbasiya Hospital of the gravity of their situation."

La traduction ci-dessus décrit des cas suspects additionnels de grippe aviaire H5N1 en Égypte. La situation sur l'état de santé des cas hospitalisés la semaine dernière n'a pas été rendue publique.

La séquence HA du cas confirmé plus tôt ce mois-ci a été publiée. Elle possède le changement M230I près du domaine de récepteur liant, ce qui pourrait affecter la transmissibilité. Un changement situé deux positions en amont, S227N, a été associé à de grandes flambées mortelles ayant eu lieu en Turquie plus tôt cette année.

Plus d'information sur ces récentes hospitalisations en Égypte, de même que sur les cas hospitalisés antérieurs, serait utile.

Pour en savoir plus
Références de médias >>>
Arbres phylogénétiques >>>

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**Lyro** · October 28, 2006, 10:09 PM

Commentaires du Docteur Niman sur la recombinaison g?n?tique du H5N1

D'AUTRE GRIPPE AVIAIRE H5N1 AU MICHIGAN
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
Traduction en fran?ais par Lyro, FluTrackers, de l'article
"More H5N1 Bird Flu in Michigan"
26 octobre 2006

L'USDA a rapport? une troisi?me d?tection de H5N1 au Michigan. Le plus r?cent rapport concerne des canards (Mallard ducks) dans le comt? de St.Claire. Tout comme pour un ?chantillon du comt? de Tuscola, les essais d'isolement viraux sont en cours. En ao?t, le H5N1 a ?t? isol? dans des cygnes (Mute swans) du comt? de Monroe. De m?me, le H5N1 a ?t? isol? dans des canards sauvages provenant du comt? de Queen Anne, au Maryland, de m?me que des canards (Mallard ducks) du comt? de Crawford, en Pennsylvanie.

Plus r?cemment, des tentatives d'isolement du H5N1 ont ?chou?. H5N3 a ?t? isol? dans des canards (Northern pintail ducks) dans le comt? de Cascade, au Minnissota, et le H6N2 a ?t? isol? dans une sarcelle (Green-winged teal) dans le comt? de Fulton, en Illinois. Aucun virus n'a ?t? isol? dans les ?chantillons positifs de H5N1 provenant des canards (Northern pintail ducks) du comt? d'Ottawa, en Ohio. Dans tous les incidents rapport?s, les s?quences indiquaient une forme am?ricaine l?g?rement pathog?ne dans les donn?es des ?chantillons positifs de H5N1.

Toutes les d?tections ?num?r?es dans le tableau [de l'USDA] proviennent d'?chantillonnages ayant test? positif au H5 et N1. Des m?dias ont indiqu? que le H5 a ?t? ?galement ?t? d?tect? dans des march?s du New Jersey, de m?me que chez des oiseaux sauvages de l'?tat de Washington et du nord de la Californie.

L'incapacit? d'isoler le H5N1 dans les ?chantillons positifs est un sujet d'inqui?tude. Le site de l'USDA sugg?re que les ?checs d'isolement ont ?t? attribuables ? un manque de H5N1 viable, mais que la viabilit? d?pend des proc?dures d'isolement. L'USDA sugg?re de plus que chaque essai a une limite de d?tection, que les r?sultats indiquent une sensibilit? du proc?d? d'isolement inf?rieure ? l'essai de PCR. Cette limite de d?tection peut ?galement ?tre affect?e par la manipulation, l'exp?dition, et la mise en commun des ?chantillons.

Les infections duelles peuvent ?galement limiter l'isolement, et les infections duelles sont communes chez les oiseaux sauvages, comme l'indiquent par l'isolement de H5N3 et de H6N2 des ?chantillons de positifs de H5N1.

Une approche alternative pour d?tecter la forme hautement pathog?ne de H5N1 implique l'analyse des s?quences. La recombinaison est commune entre le H5N1 et les s?rotypes peu pathog?nes, dont le H5. Par cons?quent, la publication de donn?es sur le H5N1 en provenance d'isolats ant?c?dents serait utile.

Pour en savoir plus
R?f?rences de m?dias >>>
Arbres phylog?n?tiques >>>

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**Lyro** · October 30, 2006, 10:31 PM

Commentaires du Docteur Niman sur la recombinaison g?n?tique du H5N1

LE NOMBRE DE PATIENTS SUSPECTÉS DE H5N1 EN ÉGYPTE AUGMENTE
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
Traduction en français par Lyro, FluTrackers, de l'article
"Suspect H5N1 Patients in Egypt Continue to Increase"
30 octobre 2006

"A suspected case of human bird flu has been reported in the northern Egyptian governorate of Gharbiyah, raising the number of possible infected humans in the area to five, al-Ghomhuria reported, citing a local hospital.

A 23-year-old woman in the city of Tanta was suspected of having symptoms of avian flu and was transported to a local hospital."

La traduction ci-dessus indique que le nombre de cas suspects d'infections de grippe aviaire dans la région de Gharbiyah en Égypte continue de s'accroître. Le seul cas confirmé (une femme de 39 ans) de Samanoud est décédé aujourd'hui, un mois après avoir développé des symptômes de la maladie. La séquence H5N1 HA de cette patiente a été publiée, et il y a un polymorphisme, M230I, adjacent au domaine du récepteur liant.

Bien que les rapports à propos de ce décès indiquent que les analyses effectués sur la famille et les proches ont testé négatif, le nombre croissant de patients hospitalisés dans ce secteur est une cause d'inquiétude.

Pour en savoir plus
Références de médias >>>
Arbres phylogénétiques >>>

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**Lyro** · October 30, 2006, 11:34 PM

Commentaires du Docteur Niman sur la recombinaison g?n?tique du H5N1

H5N1 DE QINGHAI ? SHANTOU, CHINE
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
Traduction en fran?ais par Lyro, FluTrackers, de l'article
"Qinghai H5N1 in Shantou China"
29 octobre 2006

Les s?quences de H5N1 publi?es r?cemment chez Genbank incluent 404
isolats de H5N1 de Chine. Ces donn?es ont ?t? d?pos?es par l'Universit? de Hong Kong et ses collaborateurs. Bien que plusieurs des s?quences HA n'?taient que partielles, la plupart comprennent un clivage HA et la grande majorit? comportent le nouveau clivage, PLRERRRK_R, trouv? dans la souche r?cemment rapport?e de Fujian. Cependant, un isolat de pintade (Guinea fowl) de Shantou, A/Guinea fowl/Shantou/1341/2006(H5N1), poss?de le clivage caract?ristique de Qinghai, PQGERRRKKR. Bien que cette s?quence ait ?t? au d?part isol?e dans des oiseaux aquatiques du lac Qinghai, dans la province de Qinghai, les autres isolats de Qinghai trouv?s par la suite se sont limit?s aux r?gions situ?es au nord et ? l'ouest du lac Qinghai, dont la Mongolie, la Russie, le Kazakhstan, l'Inde, l'Afghanistan, l'Europe, le Moyen-Orient, et l'Afrique.

Le Shantou est le premier isolat de Qinghai qui poss?de un certain nombre de polymorphismes d?finissants, y compris PB2 E627K. Les s?quences HA et PB2 de l'isolat de Shantou ont ?t? rendus publiques, et les polymorphismes caract?ristiques ?taient pr?sents dans les deux s?quences, y compris E627K.

Le nombre de s?quences de Qinghai ? l'ext?rieur de la Chine continue ? augmenter et ces s?quences ont un certain nombre de polymorphismes partag?s avec un sous-ensemble d'isolats de Qinghai. En HA, l'isolat de Shantou a eu C1261T (voir la liste ici). Plusieurs polymorphismes additionnels n'ont pas ?t? retrouv?s dans d'autres isolats de Qinghai, toutefois ils ?taient pr?sents dans les isolats H5N1 de l'est de la Chine et du Vietnam. Un partage semblable de polymorphisme a ?t? ?galement observ? dans PB2.

Le H5N1 ?volue par l'interm?diaire des acquisitions de polymorphismes par recombinaison homologue dans des h?tes duellement infect?s. Le profil des polymorphismes nouvellement acquis dans l'isolat de Shantou indique que la s?quence de Qinghai ?volue par l'interm?diaire des infections duelles au sud-est de la Chine.

La d?tection limit?e en Chine peut ?tre attribuable aux efforts de vaccination ou ? l'immunit? naturelle, qui ont pu avoir supprim? des niveaux de s?quence dans la souche de Qinghai, mais auraient augment? le nombre de niveaux dans la souche de Fujian. Alternativement, les m?thodes courantes de surveillance peuvent jouer contre la d?tection de la souche de Qinghai.

Pour en savoir plus
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**Lyro** · November 3, 2006, 02:17 PM

Commentaires du Docteur Niman sur la recombinaison g?n?tique du H5N1

DE CONSTANTES RETENUES DE S?QUENCES DE H5N1 RETARDENT LA RECHERCHE
Par Dr Henry Niman (Recombinomics)
Traduction par Lyro, FluTrackers, de l'article
"Continued Hoarding Of H5N1 Sequences"
2 novembre 2006
"There has no marked change in the biological characteristics of the organisms."

China, home to the world's biggest poultry population, has been at the centre of the fight against bird flu, which scientists fear could mutate into a form that can pass easily between people, potentially leading to a pandemic.

It has battled dozens of outbreaks in birds, and seen at least 21 human cases, including 14 deaths.

But the World Health Organisation says its understanding of the virus and how it might be changing is being hampered by the fact China has not shared animal virus samples since 2004.

"It's our understanding that there have been certainly changes in the virus and continual evolution in the virus since 2004 and the viruses that we requested from 2005 have still not been shared with WHO," said Julie Hall, the WHO's bird flu coordinator in Beijing.

The point was not whether there were major differences in virus strains, she said: it was about being able to keep abreast of changes, however minute, to better understand how the virus is developing.

"Whether it be dramatic or significant, it's about that regular understanding so that we can see that we're keeping on top of this," Hall said.

Les propos ci-dessus indiquent un changement d?attitude de l?Organisation mondiale de la sant? (OMS), qui reconna?t d?sormais l'impact du moindre changement, si minime soit-il, au virus H5N1. Par le pass?, les bulletins p?riodiques de l?OMS ont port? principalement sur l?absence de mutations majeures, comme l'acquisition de g?nes humains par l'interm?diaire de la r?organisation. Cependant, il n'y a eu aucune donn?e pour soutenir une telle acquisition par H5N1 et la pand?mie H1N1 de 1918 n?a pas non plus impliqu? de r?organisation. Bien que les principes de base de la g?n?tique de la grippe d?crivent le r?organisation comme source de d?calage g?n?tique et les mutations al?atoires comme source de d?rive g?n?tique, le H5N1 d?montre clairement l'?volution par recombinaison.

Plus t?t, des chercheurs de Chine ont reconnu la recombinaison du H5N1 dans un d?p?t de s?quences qu?ils ont effectu? ? Genbank, sous l?appellation: ?Une cohorte des sous-types d'AIV H5N1 isol?s d?oiseaux aquatiques sauvages et de volaille domestique a indiqu? la transmission rapide, un r?organisation fr?quente, ainsi que des ?v?nements identifiables de recombinaison?. Les s?quences rendues publiques le mois dernier ont confirm? la recombinaison, mais les chercheurs de l?H?pital St-Jude et de l'Universit? de Hong Kong n'ont pas reconnu de tels changements, quoique la recombinaison ait ?t? ?vidente dans les s?quences de Hong Kong en 2002 dans PB2, PB1, PA, et NP. Les s?quences publi?es cette semaine d?montrent ?galement l'?vidence d?une recombinaison avec la souche de Qinghai, de m?me qu?une recombinaison ?vidente dans les g?nes qui ont ?t? ?troitement li?s aux s?quences publi?es par des chercheurs de l?Institut du g?nome de Beijing [P?kin].

La recombinaison fournit une feuille de route d'interactions ant?rieures et futures r?sultant d?infections duelles et d??change d'information g?n?tique, qui est la force d'entra?nement principale derri?re l'?volution du H5N1. Ainsi, une base de donn?es bien fournies et ? jour est essentielle pour surveiller l'?volution du H5N1, de m?me que le d?veloppement des vaccins contre les g?nomes naissants.

Les plaintes port?es contre la Chine sont justifi?es. Bien que les s?quences compl?tes ont aient ?t? lib?r? le mois dernier, ?tablissant ainsi l?historique d?taill?e de l'?volution du H5N1 entre 1997 et 2004, les publications r?centes de s?quences ne contiennent aucune s?quence de Fujian ou aucune s?quence de 2005 ou de 2006. Les s?quences des cas mortels humains de 2005 et 2006 ont ?t? publi?es, mais la plupart contiennent seulement la s?quence HA et il y a d?autres publications pour les cas les plus r?cents, bien qu'un rapport du minist?re de la Sant? datant du d?but de cette ann?e d?crive des cas additionnels en 2006, qui sont clairement ?galement dus aux infections par la souche de Fujian.

De plus, les pr?sentations de H5N1 dans la province de Qinghai indiquent que beaucoup d'isolats additionnels de Qinghai ont ?t? s?quenc?s, mais non publi?s. Le rapport du minist?re de la Sant? sugg?re ?galement que des isolats additionnels de Qinghai aient ?t? obtenus pour l?Est de la Chine.

Le rapport PNAS rendu public cette semaine avait ?galement les s?quences d'un isolat de Qinghai en provenance de Shantou. C'est la premi?re s?quence publi?e de la souche de Qinghai provenant de l?Est de la Chine. La s?quence a l'emplacement caract?ristique de clivage HA de Qinghai, de m?me que PB2 E627K, et est ?troitement reli?e aux isolats de Qinghai de Chine, Russie, Mongolie, Inde, Afghanistan, Europe, Moyen-Orient, et Afrique. Mais contrairement aux isolats de l'ext?rieur de la Chine, des polymorphismes uniques ont ?t? trouv?s dans les isolats de H5N1 de Chine, accentuant encore le r?le de la recombinaison dans l'?volution du H5N1 par l'interm?diaire de l'acquisition de polymorphismes de nucl?otide.

Le rapport PNAS comportait des s?quences HA provenant de 404 isolats de H5N1 de Chine, ce qui a consid?rablement augment? la base de donn?es de HA, qui contenait quelque 1032 s?quences d?pos?es ? Los Alamos avant qu?ait ?t? publi? le rapport PNAS. Par ailleurs, plusieurs centaines des 1032 s?quences actuelles ont ?t? ajout?es au cours des semaines pr?c?dentes, notamment par l'Indon?sie, par le programme ?Blueprint? de s?quen?age d?isolats de Qinghai dans le cadre du programme de NIAID, et par l'Institut du g?nome de Beijing [P?kin]. Cependant, plusieurs des 404 s?quences HA ?taient des s?quences partielles, et seulement 156 s?quences PB2 ont ?t? publi?es. D'ailleurs, aucune s?quence des autres segments de 6 g?nes n'a ?t? publi?e, quoique les s?quences de g?ne MP aient ?t? discut?es dans un essai. En outre, une proportion ?lev?e de premi?res s?quences de H5N1 sont seulement des s?quences partielles, y compris le plus grand PB2, PB1, PA, et g?nes NP, qui comportent des exemples ?vidents de recombinaison, qui ?taient pr?sents dans 156 s?quences qui ont ?t? publi?es.

L?autre principale retenue de s?quences provient des laboratoires Weybridge, affili?s ? l?Organisation mondiale de la sant?. Des arbres phylog?n?tiques d'approximativement 80 s?quences de Qinghai de l'Europe ont ?t? publi?es il y a des mois, provenant d??chantillonnages rassembl?s vers la fin de 2005/2006. Ces s?quences n?ont pas ?t? rendues publiques, malgr? des commentaires indiquant que les s?quences seraient lib?r?es. Jusqu'? pr?sent, seulement une s?quence d'oiseau (les 8 segments de g?ne d'une dinde en Turquie collect?s il y a de cela une ann?e) et cinq s?quences humaines (quatre de Turquie et un d'Azerba?djan) ont ?t? publi?es.

D'ailleurs, seulement 4 segments de g?ne d'un isolat H5N2 au Canada a ?t? publi?, bien que H5 ait ?t? trouv? dans l'ensemble des cas au Canada il y a de cela plus d?un an dans des isolats (en ao?t 2005). Aucune s?quence de H5N1 au Canada et aux Etats-Unis n?a ?t? publi?e en 2006.

La retenue de sequences par les principaux ?tablissements de s?quen?age dans le monde entier est un sujet d'inqui?tude. Les s?quences fournissent des informations critiques sur les interactions et le transport du H5N1, aussi bien que sur la diversit? g?n?tique et les forces qui fa?onnent l'?volution. Le d?gagement de s?quences compl?tes d?isolats H5N1 anciens et contemporains, qui pourrait ?tre effectu? sans frais par l'interm?diaire du programme de s?quen?age NIAID, accuse du retard.

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